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1952年,南京市人民政府衛生局藥品食物檢驗所成立。

    1953年,南京市人民政府衛生局藥品檢驗所。

    1956年,歸屬江蘇省衛生廳直接領導,改名為江蘇省衛生廳藥品檢驗所。

    1969年,江蘇省衛生廳藥品檢驗所正式撤銷,僅保留7人留在江蘇省革命委員會衛生局醫藥站内藥檢組,負責全省中西藥品質量管理和檢驗,制訂省内藥品标準規格,其餘人員下放到基層或農村。

    1973年,恢複江蘇省衛生廳藥品檢驗所建制,定名江蘇省藥品檢驗所。

1987年,衛生部批準江蘇省藥品檢驗所為進口藥品授權檢驗所。

2001年,江蘇省藥品檢驗所成建制由江蘇省衛生廳劃歸新成立的江蘇省藥品監督管理局。

2004年,國家食品藥品監督管理局、海關總署确定江蘇省藥品檢驗所為國家口岸藥品檢驗所。

2007年,江蘇省藥品檢驗所更名為江蘇省食品藥品檢驗所,同時增挂“江蘇省食品藥品檢驗檢測中心”牌子。

2013年,江蘇省食品藥品檢驗所(江蘇省食品藥品檢驗檢測中心)更名為江蘇省食品藥品監督檢驗研究院,加挂“江蘇省食品質量安全監控中心”牌子。